故事的跪趴背景设定在一个名为“迷之谜题”的游戏中心，主角一个名叫神户犬太郎的什视高中生。犬太郎一位天才的千金谜题解答者，他与自己的被调朋友们一起组成了一个解谜团队，致力于解决各种复杂的教室谜题。

在这个游戏中心，跪趴有一种特殊的什视谜题叫做“Orpheus Order”，它一种由神秘组织创造的千金谜题，只有通过解决这些谜题，被调才能获得真正的教室“智慧之骨”。犬太郎和他的跪趴朋友们不断接受Orpheus Order的挑战，他们要面对各种各样的什视困难和危险，同时也要不断提升自己的智力和解谜能力。

在这个过程中，犬太郎和他的朋友们结识了许多不同类型的人物，包括其他谜题解答者、Orpheus Order的成员以及一些普通的游戏玩家。他们之间展开了一系列精彩的对决和合作，共同探索谜题背后的真相。

除了谜题解答，PHI·BRAIN 神之谜题还融入了一些友情、成长和冒险的元素。每个角色都有自己的个性和故事，他们在解谜的过程中也逐渐成长和改变。同时，动画中还通过精美的画面和动态的动作场景，为观众呈现了一个充满奇幻色彩的世界。

总的来说，PHI·BRAIN 神之谜题一部富有谜题解谜乐趣的动画作品，它通过精彩的故事和精心设计的谜题，带领观众一起探索智力的极限和人性的奥秘。